В новом релизе бухгалтерии при приёме актов от нас по эдо программа просит сопоставить номенклатуру. Что с этим лучше сделать?

Это новшество от 1С. Подробнее об этом можно почитать на сайте ИТС
https://its.1c.ru/db/updinfo#content:621:1:issogl1_4